El club Álamos F.C., conocido también en el medio como Chivas Alamos,  se fundó en 1994, comenzó como la filial oficial más antigua del Club Deportivo Guadalajara A.C., en el país. En el mes de enero de 1995, por primera vez se tuvo en el torneo metropolitano de fuerzas básicas de clubes profesionales, la representación del Club Guadalajara con los equipos de Chivas Alamos.

El Club Alamos ha participado desde 1995 en todos los torneos de Copa y Liga, Apertura y Clausura de fuerzas básicas de clubes profesionales y también en los torneos nacionales e internacionales organizados por el club Guadalajara, los torneos interfiliales organizados por otras escuelas del Club en la República Mexicana y los interfiliales que el propio Club organiza.
 

Debido a los buenos resultados de los equipos de este Club, la delegación Benito Juarez tomó a Chivas Alamos como su representante en los juegos eliminatorios del D.F., las olimpiadas juveniles y los torneos del gobierno de la Ciudad de México.

Por la buena preparación de sus jugadores en 1996 Chivas Alamos aportó jugadores menores a la plantilla del equipo Tlalnepantla  de la 3ª División Profesional y terminó adquiriendo la franquicia. La preparación de jugadores se hizo más intensa y los jugadores de Chivas Alamos que participarían en 3ª división realizaron viajes a Guadalajara
para entrenarse, aumentar su nivel y de esa manera tener un mejor rendimiento en la temporada 1997-1998. Éstos
jugadores constituyeron el 80% de la plantilla de jugadores del Club Tlalnepantla.
 

En la temporada 1998-1999 en Club Chivas Alamos cambió el nombre de Tlalnepantla por el de Alamos apareciendo por vez primera en los registros del fútbol profesional de nuestro país. Todo el plantel se conformó con jugadores de nuestras fuerzas básicas y respetando la tradición del Club Guadalajara, solo jugando con mexicanos. En ésta
participación el club Alamos logró calificar a la liguilla de interzonas  para luchar por el ascenso a 2ª división, con
jóvenes menores de edad y sin tener un solo jugador profesional en sus filas.

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Debido a la remodelación de la ciudad deportiva, nuestra sede, el Club se vio obligado a jugar como local en el estadio Francisco I. Madero, en la temporada 1999-2000. De la temporada 2000-2001 se tienen gratos recuerdos ya que la base del plantel de 3ª división conquistó el campeonato de Copa Chivas 2000, siendo la única filial con 2 títulos de esta competencia en sus vitrinas. Además se logró el Campeonato del Grupo IV de la tercera división, lo que significa ser el mejor equipo durante las 2 vueltas de la temporada regular. Se calificó por 2ª ocasión a la liguilla de interzonas por el ascenso.
 

Del año 2001 al 2003 se tuvo un periodo de irregularidad que solo nos dejó una calificación a la liguilla, pero no todo fue negativo ya que el Club encontró un jugador que venía cumpliendo con todo el proceso de escuela y fuerzas básicas desde los 10 años, su nombre es Fernando Herrera, campeón de la Liga MX, campeón de CONCACAF con el Club Atlante de 1ª división, y disputando el Mundial de Clubes frente al poderoso FC Barelona de Pep Guardiola. Un verdadero talento, combinado con mucho esfuerzo, surgido de nuestra cantera para el futbol nacional.

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